為響應WHO「2035消除結核病 (End TB)」的目標並保護社會與家庭免受結核病可能造成之經濟負擔衝擊，在結核病治療方面，除由全民健康保險(NHI)依給付範圍支應相關費用，為達成防疫目標，疾病管制署亦編列公務預算，以支付健保未涵蓋之必要支出，包括結核病個案、接觸者及潛伏結核感染者之部分負擔、無健保個案之醫療支出、抗結核二線藥物與專案進口藥物、主動發現與篩檢服務，以及推動都治計畫所需之經費等。

因此，臺灣在結核病防治措施方面，涵蓋卡介苗接種、主動發現篩檢、潛伏結核感染治療、接觸者調查、結核病人之診斷及治療、個案管理乃至於申請藥害救濟，均由政府負擔相關費用，民眾無需額外支付費用。此外，亦結合社會福利機構及國內民間團體的資源，針對經濟困難的結核病個案，提供營養補助、就醫交通補助及急難救助等協助，俾利協助病人順利安心地完成治療。

為提高愛滋感染者醫療的可近性與提升愛滋感染者的就醫品質，臺灣廣納醫療服務院所及藥局作為愛滋病指定醫事機構，此外，並辦理整合式服務計畫，協助感染者自我健康管理及規則就醫服藥。另將國際推薦的複方藥物列為第一線推薦處方，提高感染者服藥的順從性。感染者治療所需醫療費用，全數由全民健康保險與公務預算支應。

臺灣呼應聯合國愛滋病規劃署(UNAIDS)三零願景「零感染、零死亡、零歧視」及2030年「95-95-95」階段性目標（95%感染者知道自己感染狀況、95%已知感染者有服藥、95%服藥之感染者病毒量受到抑制），持續強化社會大眾對愛滋防治的正確意識，消除對愛滋的歧視，讓感染者受到應有的尊重與關懷，同時塑造友善的篩檢與治療環境，與國際同步。

1965年12月4日，臺灣獲世界衛生組織頒發瘧疾根除登錄證書，為保全這項防治成果，自根除瘧疾後，衛生福利部疾病管制署仍持續進行瘧蚊調查與檢驗，並維持實驗室的診斷量能，針對境外移入的罹病人員進行追蹤治療；另專案進口瘧疾預防藥物(自費)，並呼籲將赴流行地區的民眾，先前往旅遊醫學門診評估及依醫囑服藥。

臺灣自2009年納入國際衛生條例IHR (2005) 的運作機制，即設置IHR對口單位(IHR Focal Point) ，依循IHR規範與WHO總部及各國衛生對口單位進行直接聯繫，不定期向WHO通報臺灣重要的公共衛生事件，並經由IHR Event Information Site，接收各國通報的重要公共衛生事件，且針對重要傳染病個案(含接觸者)進行跨國轉介與聯繫。以COVID-19疫情為例，早於2019年12月31日我國即透過IHR通報WHO總部，有關中國武漢地區出現不明原因肺炎群聚現象，除提供WHO我國自媒體監測及消息來源獲知之訊息外，亦期盼透過WHO等國際管道獲知更多關鍵訊息；上述快速因應作為，獲WHO大流行防範因應獨立委員會(Independent Panel for Pandemic Preparedness and Response, IPPR)於2021年第74屆世界衛生大會(WHA)提交報告中提到：我國快速通報與資訊分享，視為WHO取得中國武漢爆發COVID-19疫情資訊的三個管道之一，足見我國透過IHR即時分享重大公衛事件成效已獲肯定。我國目前8處指定港埠，持續透過維運保全計畫，進行每年自評、每五年專家外部評核，確保港埠持續精進及永續發展。

我國持續透過IHR窗口向WHO及其他國家交換具公共衛生重要性之疫情資訊，並積極爭取參與WHO召開之相關會議，期能掌握國際間最新傳染病流行訊息、公衛緊急事件應處、疫苗研發、科技發展及實證醫學等資訊，同時與各國IHR有更密切的互動，也讓國際間看到我國在傳染病防治與公共衛生上的努力。