聯合國於「2035消除結核病目標(End TB)」立下消除結核病願景，希冀沒有家庭因結核病治療而發生災難性經濟負擔(0% TB-affected families facing catastrophic costs due to TB care)。臺灣在結核病人的治療方面，除了依全民健康保險給付範圍支付，另外基於防疫目的，由衛生福利部疾病管制署編列公務預算，支應健保未涵蓋的結核個案、潛伏結核感染者與接觸者檢查的部分負擔、無健保個案的醫療、抗結核二線藥物與專案進口藥物、山地鄉主動篩檢及都治計畫等費用。

因此，臺灣從卡介苗接種、主動發現、潛伏結核感染治療、接觸者調查、結核病人的診斷及治療、個案管理乃至於申請藥害救濟，皆無需民眾額外負擔任何費用。此外，也結合社會福利機構及國內民間團體的資源，針對經濟困難的結核病個案，提供營養、就醫交通補助及急難救助，協助病人順利安心地完成治療。

為提高愛滋感染者醫療的可近性與提升愛滋感染者的就醫品質，臺灣廣納醫療服務院所及藥局作為愛滋病指定醫事機構，此外，並辦理服務品質提升計畫，協助感染者自我健康管理及規則就醫服藥。另將國際推薦的複方藥物列為第一線推薦處方，提高感染者服藥的順從性。感染者治療所需醫療費用，全數由全民健康保險與公務預算支應。

臺灣呼應聯合國愛滋病規劃署(UNAIDS)三零願景「零感染、零死亡、零歧視」及2030年「95-95-95」階段性目標（95%感染者知道自己感染狀況、95%已知感染者有服藥、95%服藥之感染者病毒量受到抑制），持續強化社會大眾對愛滋防治的正確意識，消除對愛滋的歧視，讓感染者受到應有的尊重與關懷，同時塑造友善的篩檢與治療環境，與國際同步。

1965年12月4日，臺灣獲世界衛生組織頒發瘧疾根除登錄證書，為保全這項防治成果，自根除瘧疾後，衛生福利部疾病管制署仍持續進行瘧蚊調查與檢驗，並維持實驗室的診斷量能，針對境外移入的罹病人員進行追蹤治療；另專案進口瘧疾預防藥物(自費)，並呼籲將赴流行地區的民眾，先前往旅遊醫學門診評估及依醫囑服藥。

臺灣自2009年納入國際衛生條例IHR(2005)的運作機制，即設置IHR對口單位(IHR Focal Point)與WHO總部進行直接聯繫，不定期向WHO通報臺灣重要的公共衛生事件，並經由IHR Event Information Site，接收各國通報的重要公共衛生事件，且針對重要傳染病個案(含接觸者)進行跨國轉介與聯繫。自2023年起，8個國際港埠，持續透過維運保全計畫，進行每年自評、每五年專家外部評核，確保港埠持續精進及永續發展。

2018年邀請歐盟專家採用WHO評核文件及聯合外部評估工具(JEE)針對第一期2個指定港埠(桃園國際機場、高雄港)進行現場評核，專家除給予該兩港埠滿級分評價，高度肯定評核表現且認可其持續符合IHR港埠核心能力外，亦已展現永續發展能力。另因應2020年COVID-19國際公共衛生緊急事件，7個指定港埠透過前已建立之核心能力基礎，均能妥善應變、聯繫及動員，大幅降低COVID-19境外移入威脅，確保國內社會及經濟得以正常運作。

另響應WHO的呼籲，於2016年委託美國專家採用聯合外部評估工具(IHR 2005: Joint External Evaluation Tool，JEE)，針對臺灣公共衛生威脅應變量能進行外部評核，48項指標中，42項獲評為綠燈，顯示因應緊急事件的應變能力已達9成，並成為全球第8個完成JEE外部評核的國家。

臺灣疾管署自2019年12月起監測到中國武漢傳出不明原因肺炎訊息且保持高度警惕，隨即於2019年12月31日以電子郵件方式通報WHO國際衛生條例(IHR)聯繫窗口，分享關鍵資訊並向WHO查證及要求提供進一步消息。WHO大流行防範因應獨立委員會(Independent Panel for Pandemic Preparedness and Response, IPPR)於2021年第74屆世界衛生大會(WHA)提出的調查報告，即將上開通報事件視為WHO取得中國武漢爆發COVID-19疫情資訊的三個管道之一。

於疫情期間，持續透過國際衛生條例(IHR)窗口向WHO及其他國家交換病例資訊，並積極參與WHO召開之COVID-19相關專家會議，同步掌握國際間最新COVID-19研發、公共衛生及實證醫學等資訊，因而與各國IHR有更密切的互動，也讓國際間看到我國在傳染病防治的努力。